Un certain nombre de variantes existantes du COVID-19 pourraient avoir le potentiel d’échapper à la réponse du système immunitaire dans des populations et des minorités spécifiques, a révélé une nouvelle étude examinant la réponse des lymphocytes T cytotoxiques du système immunitaire dans le corps humain.
L’étude évaluée par des pairs intitulée « Impact prévu du paysage mutationnel viral sur la réponse cytotoxique contre le SRAS-CoV-2 » a été rédigée par Antonio Martín-Galiano de l’Institut de santé Carlos III, Espagne et son équipe de recherche, et a été publiée dans le PLOS Computational Biology journal le 10 février de cette année.
La cellule T cytotoxique est une cellule effectrice qui détruit les cellules infectées par le virus, les cellules tumorales ou les greffes de tissus dans le corps humain dans le cadre de la réponse globale du système immunitaire. Plus précisément, il s’agit d’une réponse immunitaire qui ne nécessite pas d’anticorps et qui est donc cruciale pour neutraliser l’infection par le SAR-CoV-2 chez ceux qui n’en ont pas.
L’étude examine la possibilité que les mutations COVID-19 existantes aient pu développer la capacité d’échapper à la réponse des lymphocytes T cytotoxiques, ainsi que la probabilité que d’autres mutations évoluent et développent cette capacité.
La réponse des lymphocytes T humains est codée génétiquement par des molécules d’antigène leucocytaire humain (HLA) et diffère donc d’un groupe à l’autre dans le monde.
Ceci, combiné au fait qu’il existe des milliers d’épitopes possibles – la partie d’une protéine étrangère capable de stimuler une réponse immunitaire – dans les agents pathogènes SAR-CoV-2, signifiait qu’il ne serait pas possible de suivre chaque système immunitaire humain, réponse à chaque variante virale. Au lieu de cela, l’équipe de recherche a développé une stratégie informatique pour aborder ce problème.
Dans la première étape de l’étude, l’équipe de recherche a déterminé l’ensemble complet d’épitopes de la souche originale de COVID-19, détectée pour la première fois à Wuhan, en Chine.
Ce faisant, ils ont découvert 1 222 épitopes du SRAS-CoV-2 qui étaient associés aux principaux sous-types HLA, représentant les molécules HLA d’environ 90 % de la population. Par conséquent, ils ont déterminé qu’au moins 9 personnes sur 10 pourraient lancer une réponse des lymphocytes T à la souche de coronavirus d’origine.
Avec ces connaissances en main, l’équipe de recherche est ensuite passée à l’étape suivante, travaillant pour déterminer si la statistique a changé ou non à mesure que le virus évoluait. La possibilité que cela se produise était élevée, car les virus évoluent en permanence et sont capables de produire des variants d’échappement cytotoxiques en réduisant l’efficacité, voire en supprimant entièrement, les molécules HLA.
Afin d’évaluer cette possibilité, l’équipe de recherche a examiné 117 811 isolats de COVID-19, cherchant à trouver des mutations des épitopes de la souche de référence originale de Wuhan. Au total, les chercheurs ont découvert que 47 % des épitopes avaient muté dans au moins un isolat existant. Beaucoup de ces mutations étaient responsables de la délétion ou de l’altération des molécules HLA, comme ils l’avaient soupçonné.
Ensuite, ils ont cherché à déterminer la nature exacte de ces altérations et délétions, en examinant s’il existait ou non un schéma quant aux types HLA ciblés, ce qui leur permettrait de comprendre si certaines populations seraient plus vulnérables à ce type de évasion du système immunitaire.
En analysant les différentes variantes du gène HLA et en trouvant celles qui étaient les plus sensibles à l’évasion des lymphocytes T cytotoxiques, l’équipe a pu trouver des schémas récurrents dans certaines régions du monde.
C’est avec cette méthode qu’ils ont découvert que les populations d’Afrique subsaharienne et d’Asie de l’Est et du Sud-Est pourraient être plus sensibles au coronavirus exerçant une pression sur la réponse des lymphocytes T cytotoxiques, les rendant incapables de lancer une réponse immunitaire.
Bien que les découvertes soient importantes pour comprendre la réponse immunitaire individuelle au COVID-19, les chercheurs ont indiqué qu’à l’heure actuelle, l’accumulation de ces mutations dans des isolats indépendants est trop faible pour menacer la population humaine mondiale. Cela signifie qu’actuellement, il n’existe aucune variante de COVID-19 qui pourrait contourner entièrement la réponse des lymphocytes T cytotoxiques dans tous les sous-types HLA.
Cependant, ce que la recherche a montré, c’est que certaines communautés et populations sont plus vulnérables à ce phénomène. Cette connaissance permettra une surveillance plus étroite et une meilleure compréhension de ce qui pourrait causer des épidémies locales et comment les prévenir.
« Compte tenu de la lenteur de la vaccination dans certaines régions géographiques, une primo-infection accrue par des souches qui échappent à la détection immunitaire pourrait aggraver l’important fardeau sanitaire et socio-économique causé par la pandémie de COVID-19 », explique l’auteur de l’étude.
« Les connaissances acquises ici peuvent aider à comprendre l’état actuel de la défense cytotoxique humaine dans le contexte de la pandémie et à identifier rapidement les souches émergentes qui nécessitent une surveillance étroite. »
